Institutul Teologic Protestant din Cluj funcţionează ca atare din 15 septembrie 1895, dată la care Academia Protestantă din Transilvania şi-a mutat sediul de la Aiud la Cluj. Concomitent Collegium Academicum din Aiud a devenit gimnaziu reformat (actualul Colegiu Naţional Bethlen din Aiud).[1]
Instituţia este recunoscută de Statul Român şi formează pastori ai celor trei confesiuni protestante din Transilvania, cea calvină (Biserica Reformată din România), luterană (Biserica Evanghelică Lutherană şi Biserica Evanghelică de Confesiune Augustană). De asemenea institutul oferă studii similare confesiunii unitariene (Biserica Unitariană din Transilvania).
Institutul Protestant este coordonat de cinci episcopate: una unitariană, două luterane şi două calvine (Episcopia reformată de Piatra Craiului şi Episcopia Reformată de Transilvania). Sediul său din Cluj adăposteşte Facultatea Reformată-Evanghelică şi Facultatea Unitariană. Pe lângă acestea, institutul include şi o Facultate Evanghelică de Confesiune Augustană aflată la Sibiu şi întreţinută de Biserica Evanghelică de Confesiune Augustană.
